在很久很久以前， “人类”是由上帝所派遣的天使所创生的。
作为唯一一种懂得祈祷的语言的生物，“人类”藉由天使的帮助获得了伟大的发展。
但是，在那样繁荣的世界里生活着，人们渐渐忘却了祈祷。
最初的悲剧，发生于500年前，
“人类”渐生的傲慢之心惹怒了上帝，上帝便让天使离开了人间。
失去秩序的大地，一瞬间便陷入了混沌之中。
无数的都市轮番陷入崩坏之中，此刻世界上却有唯一一位并未忘却祈祷的人，
这位仅存的会向上帝祈祷的圣女，向上帝祈求宽恕。
上帝接受了圣女的祈祷，
让仅存的最后一个都市浮于上空，把人类从毁灭的边缘中解救出来。
那个都市即是现代所说的，游离于上空的最后一个人类都市，诺瓦斯·艾蒂尔。
以此为开端，世世代代的圣女继续地向上帝献上祈祷与赎罪，维系着这巨大都市继续浮于空中。
平稳安定的时代开始延续，即使及不上以往的地面上的繁荣，但都市的的确确正在渐渐发展。
可是，就在第二十八代圣女就职时，
悲剧再次发生了。
没有任何预兆，都市的一角就那么突然地失去了浮空之力。
随着崩落的地盘，数千人被吸入混沌大地的黑暗中。
而这一大灾害以 “大崩落” 之名，刻入了人们的记忆之中。
“大崩落”改变了都市的姿态
原本，这都市为贵族居住地表“上层”，普通民众居住地表“下层”这个境况，
可是，在崩落时产生生的地震让“下层”的一部地区下沉，形成了一段被绝壁隔开的区域。
那个地带，就是现在被称为“牢狱”的区域。
即使“牢狱”刚崩落后不久，那里也是形同人间地狱。
伤者和遗体遍布满街。紧缺的物资使尸横于街的死者变得更多。
在勉强挽回一些秩序之间的数年中，“牢狱”渐渐形成了一个新的社会。
牢狱的每一个角落都充满了贫穷的景象，在财欲利益的淫威之下人之性命变得何等的不值一提。
偷盗和行使暴力已经成为家常便饭。
痛苦带来更多的痛苦，悲剧也带来更多的悲剧。
堆积如山的绝望渐渐夺取了人们仅存的希冀，即使如此许多人仍是选择让自己就这样的沉沦下去。
可是，又有谁能责备他们呢？
因为，那即为“牢狱”里的 [日常]。

故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。
在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。