1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到，将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

本片由四个短片组成。《九十九》健硕的手艺人在山中突逢暴雨，他仓促间在一座祠堂歇脚，谁知里面别有洞天。被人用烂丢弃的雨伞和绸缎将他团团围住，手艺人不为所惧，拿出随身携带的针头线脑缝补这些充满悲怨的旧物。《火要镇》商人之女若（早见沙织 配音）和邻家男孩年松吉（森田成一 配音）青梅竹马，两情相悦 。但是家境悬殊的二人终究有缘无分。即将出嫁的小若不慎引燃烛火，可在那一刻她却突然停止灭火呼救的念头。
《GAMBO》某座山村饱受巨大的赤鬼困扰，村民不得不将少女奉献出去以求苟存。村中最后一个女孩（田村睦心 配音）在森林里遇见可怕的白熊，她诉说了心中的苦衷，而白熊却像听懂了一般杀向赤鬼的老巢。《别了武器》一伙全副武装的战士来到早已成为废墟的都市，他们高度戒备，全力备战，只为围捕一辆无人驾驶的战车。