恶战结束，两名铁血战士带着死去同伴的尸体向家乡返航。令他们想不到的是，死去同伴的身体竟成为异形幼卵的栖息地，成熟的异形破胸而出，并且兼具异形和铁血战士的强大威力，成为了连铁血战士也难以撼动的终极异形。一场残酷的杀戮随即在飞船上进行，最终导致飞船坠毁在科罗拉多州的群山之中。
幸存的异形逃出飞船，并开始恐怖的繁殖，而附近的康尼森小镇的居民也不可避免地成为异形狩猎和寄生的对象，原本宁静祥和的小镇变成了恐怖的人间地狱。与此同时，一个留在地球的铁血战士获知了同伴死前发出的信息，他决定与这群宿命的恶魔敌人奋战到底……

21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……