经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。

因羽田机场天气情况不佳，一架飞往东京的航班暂时停靠在一天只有两架飞机降落的松本机场。地勤大河内千草（竹内结子 饰）严阵以待，打起十二万分的精神应对旅客的各种要求，此外还为村木主任（甲本雅裕 饰）死缠烂打的求婚告白颇费脑筋。少顷，刚刚结束葬礼的鹤桥一家抵达候机大厅。长男藏之介（生瀬胜久 饰）一心筹划兴建天文馆，为此缠着妹妹和妹夫借钱。身为律师的妹夫田野仓守男（香川照之 饰）道貌岸然，情人百合子（户田惠梨香 饰）暗中随行令他焦灼万分。妻子美代子（神野三铃 饰）察觉丈夫的异状只能自吞苦果，这时却邂逅了帅气的飞行员（小田切让 饰）。田野仓的一双儿女也各有各的心事，丈人鹤桥清正（绫田俊树 饰）则抱着亡妻的骨灰独坐一隅。
千草周旋在鹤桥一家身边，不经意间得知了他们的许多秘密，也见证着他们之间隐隐的羁绊……

在榎本径（大野智 饰）消失后，芹泽豪（佐藤浩市 饰）律师和律界新人青砥纯子（户田惠梨香 饰）的工作与生活又重新回到平凡的轨道中。这天，芹泽出发与委托人藤林仓三洽谈价值10亿日元美术品的捐赠事宜。谁知当他和对方的外甥女冈村郁子（黑木瞳 饰）进入门窗紧闭的别墅时，却发现委托人已经被人用高尔夫球杆杀害。与此同时，正调查一起密室救人事件的纯子意外重逢半年前归国、此刻正经营一家防盗公司的榎本。奇妙的是两起看似不相关的密室案就这样交融在一起。围绕美术品的去留，新的密室杀人案再度发生，疑点重重，真凶何在？
本片根据贵志佑介的同名原作改编，为该电视剧集的SP版。

不甘心就此放弃设计师的梦想，际遇坎坷的和弥（筒井道隆 饰）决定参加某美术馆的设计大赛，作为妻子的美雪（中谷美纪 饰）全力支持丈夫的事业，谁知结果却令夫妇始料未及。同在登山俱乐部的纱月（户田惠梨香 饰）与学长浩一（松坂桃李 饰）互有好感，一位学姐罹患血液病，二人在验血时发现了彼此命运背后惊人的事实，然而这还只是黑暗宿命的一角。外祖母患有癌症，急需治疗，失业的英语教师梨花（松下奈绪 饰）走投无路，希望能求助于多年来一直定期送花给他们的K先生。她多方查找K的下落，竟无意间推开了宿命的大门。“雪、月、花”，看似毫无意义的神秘咒语，连缀起三个女人相互缠绕的命运……
本片根据凑佳苗的原作改编。

特别篇继续延续着第一季的故事。没有听从指挥的实习生五人组蓝泽耕作（山下智久 饰）、白石惠（新垣结衣 饰）、绯山美帆子（户田惠梨香 饰）、冴岛遥（比嘉爱末 饰）和藤川一男（浅利阳介 饰）被要求停止工作一周进行反思。这一周里，五人各进行着不一样的事情。因为上一季的意外事故，失去右手的黑田医生（柳叶敏郎 饰）则开始进行康复训练。
回归岗位后的五人组，遇到了列车出轨事故。列车上乘客众多，死伤惨重。实习生们和医生分批乘坐救援飞机奔赴现场。现场一片混乱，生与死的搏斗场，让实习生们只能争分夺秒。并且，灾难似乎也在慢慢靠近实习生中的一员……

受野立信次郎（竹野内丰 饰）之托从国外回来的大泽绘里子（天海佑希 饰）成为警视厅搜查一课的特别犯罪对策组的boss，但编派到她手下的组员却形态各异，来自科学搜查研究所调来的嗜睡如命的木元真实（户田惠梨香 饰），从交通组调来的外冷内热刑警片桐，从派出所调来的活力小子花形一平 ，以及总是偷懒的来自反黑组的严井和人称“丢三落四先生”的山村巡查部长。
这样一班乌合之众放在一起，着实让大泽头痛，搜查一课对她的部门从没寄予厚望，只需要她应对媒体公关。但大泽却不愿成为被人摆布的木偶，面对这样一班下属与不断发生的案件，她将以身作则，让部下发挥个人特长破获案件。在另一面，八年前因为男人而离开警队的大泽，感情方面亦再次面临考验，这一次，她能否改变事业与感情的走向？

日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮 饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香 饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……