1994年十月，三个电影学院的学生——迈克（Michael C. Williams 饰），希瑟（Heather Donahue 饰）和乔什（Joshua Leonard 饰）前往马里兰州的布莱尔小镇，拍摄一部关于女巫布莱尔的纪录片，然而在拍摄过程中三人全部失踪。人们在一年以后，发现了他们留下的电影胶片，记录了他们失踪前发生的一切……
在布莱尔小镇上，长久以来流传着关于杀害孩子的女巫布莱尔的传说，这里集中的儿童墓地，还有小镇上几乎人尽皆知的古老故事，都印证着女巫的存在。迈克等三名同学，在一个平静的周日展开了对布莱尔故事的追索，可是在他们深入密林的同时，诅咒也开始降临在他们头上。

奥斯丁（埃米尔·赫斯基 Emile Hirsch 饰）和父亲汤米（布莱恩·考克斯 Brian Cox 饰）同为镇上的验尸官，某天晚上，刑警谢尔顿（迈克尔·麦克埃尔哈顿 Michael McElhatton 饰）送来了一具无名女尸，希望汤米和奥斯丁能够在天亮之前弄清楚她身上的秘密。
奇怪的是，这具女尸身上没有任何的淤青或伤口，然而她的内脏和骨骼却伤痕累累，很显然生前遭到了残酷的虐待。在解剖的过程中，难以用科学解释的谜团越来越多，挑战着汤米丰富的经验和好奇心，而屋外忽然降下的暴雨亦给这个不平凡的晚上带来了一丝阴森的气氛。行踪诡异的人影，忽近忽远的脚步，似真似幻的可怕光景，很快，父子两人便发现，他们要做的最重要的事情并不是解开女尸之谜，而是尽快的逃离她，逃得越远越好。

故事发生在17世纪30年代的新英格兰，由于无法苟同教会的做法，虔诚的清教徒威廉（拉尔夫·尹爱森 Ralph Ineson 饰）遭到种植园的驱逐，被迫带着妻子凯瑟琳（凯特·迪基 Kate Dickie 饰）和一众儿女远迁来到一处荒芜所在。他们白手起家，历经艰辛，而尚在襁褓 中的儿子意外失踪则令一家人的心头蒙上挥之不去的阴影。天气恶劣，作物歉收，夫妻二人的关系陷入紧张，凯瑟琳心念下落不明的孩子，精神近于崩溃。在此期间，自感对孩子失踪负有主要责任的长女托马辛（安雅·泰勒-乔伊 Anya Taylor-Joy 饰）心情沉重，此后不久，大弟凯勒布（哈维·斯克林肖 Harvey Scrimshaw 饰）在丛林深处遭遇女巫，心智错乱。
一家人的生活彻底陷入混乱，他们能否在信仰中得到救赎？

少女佐伊·班森（泰莎·法米加 Taissa Farmiga 饰）意外害死男友，由此得知自己拥有女巫血脉。她被带到一所秘密的女巫学校，结识了拥有不同能力的麦迪逊、奎妮和楠三名女孩。未过多久，校长科迪莉亚（莎拉·保罗森 Sarah Paulson 饰）的母亲菲奥娜·古德（杰西卡·兰格 Jessica Lange 饰）返回学校。她是上一代公认的超级女巫，却因衰老和魔法的流失而焦虑不安。菲奥娜找到了被永生的黑人女巫玛丽·拉文（安吉拉·贝塞特 Angela Bassett 饰）活埋将近两百年的拉劳里夫人（凯茜·贝茨 Kathy Bates 饰），渴望弄清永生的秘密。谁知一连串事件却点燃了两派女巫沉寂多年的战火。 与此同时，另一伙狙杀女巫的神秘组织也剑拔弩张。
21世纪，女巫的传奇仍在继续……