经过修复和重新剪辑的终极版《东邪西毒》。片子取材于金庸的武侠神作《射雕英雄传》，但故事的主线变成了原著中不受人待见的欧阳锋（张国荣 饰）。欧阳锋因为昔日恋人（张曼玉 饰）赌气嫁给兄长而离开家乡白驼山，来到大漠中开了一家专门介绍杀手的酒舍。在沙漠的自我放逐中他重逢了好友黄药师（梁家辉 饰），遇见了精分的慕容嫣（林青霞 饰），深情的想念妻子桃花（刘嘉玲 饰）却不想相见的夕阳武士（梁朝伟 饰），倔强的复仇孤女（杨采妮 饰），初来闯荡江湖的不穿鞋的洪七（张学友 饰）。在经历了他人的生死、感情纠葛之后，欧阳锋得知了恋人的死讯，一切得到释然后他烧毁了酒舍，离开了沙漠……
修复版和94年版在画面、时长、配乐、标题、对白、镜头上都略有不同。

报社记者袁永定（万梓良 饰）遇到了一位前来登寻人广告的女子如花（梅艳芳 饰），无意中才发现了该名冷艳的女子原是鬼魂，早在50年前，她是一名红牌妓女，结识了一名纨绔子弟十二少陈振邦（张国荣 饰）。如花深深爱上了这名多情的公子，两人已到了谈婚论嫁的地步，由于身份悬殊，遭到了十二少家人的极力反对。无奈之下，他们以胭脂扣定情，一起吞鸦片殉情。如花未能在地府看到自己的爱人，便到阳间寻找。
如花在两名记者的帮助下，得知原来当年十二少被人救活了，如今生活潦倒。面对十二少的懦弱，如花伤心欲绝，把胭脂扣返还，回到阴间投胎转世。

段小楼（张丰毅 饰）与程蝶衣（张国荣 饰）是打小儿一起长大的师兄弟，两人一个演净，一个饰旦，配合天衣无缝，一出《霸王别姬》更是誉满京城。为此，两人约定合演一辈子《霸王别姬》。但两人对戏剧与人生关系的理解有着本质的不同，段小楼深知戏非人生，程蝶衣则是人戏不分。
段小楼在认为该成家立业之时迎娶了名妓菊仙（巩俐 饰），程蝶衣认定菊仙是勾引了段小楼，使段小楼做了叛徒。自此，三人围绕一出《霸王别姬》生出的爱恨情仇随着时代风云的变迁不断升级，终酿成悲剧。