下卷记载1993-2008年间的企业变革。
作者以写实的手法和犀利的风格，描绘了1993—2007年部分国企和民企在改革和崛起中的艰难历程。其中有柳传志、张瑞敏、王石、马云、吴仁宝等成功的典型，也有禹作敏、牟其中、姬长孔、沈太福等昙花一现的悲剧人物。书中用编年体的写法，将1993年以来发生在中国大陆经济体制改革中的大事作了全景式的描绘，其中有政府的决策，有高层领导的指示，有亚洲金融风暴的影响，更多的是企业界人士台前幕后的种种作为。许多事实经过作者生动的描写，使人们能从宏观上看出经济体制改革的艰难和民企在突围中的奋斗，无论成功与失败，都真实地映衬出中国腾飞中沉重的翅膀。作者在企业史的写作中，摒弃了从文件到概念的模式，以鲜活灵动的典型形象，以人物为主体，以事件为血肉，勾画出这一时期中国企业界的脉动，具有一种史诗般的力量。
作者在书中说：“过去的三十年是如此的辉煌，特别对于沉默了百年的中华民族，它承载了太多人的光荣与梦想，它是几乎一代人共同成长的全部记忆。”

本书以《时代》杂志封面人物为引，重新讲述现代中国的光荣与挫折，并在历史的缝隙里忠直地解析人心和政治的风云。
从1923年到1946年，在20多年的历史跨度中，作者先后选择了吴佩孚、蒋介石、宋美龄、冯玉祥、阎锡山、币原、溥仪、汪精卫、陈诚、史迪威、宋子文、马歇尔等封面人物为焦点，以编年体的方式来叙述中国的历史进程。采取以翻译并摘录《时代》报道原文，与当事人回忆录、相关史书的描述相映照的方式，来解读历史人物的命运和历史事件的演变过程。

万历十五年，亦即公元1587年，在西欧历史上为西班牙舰队全部出动征英的前一年；而在中国，这平平淡淡的一年中，发生了若干为历史学家所易于忽视的事件。这些事件，表面看来虽似末端小节，但实质上却是以前发生大事的症结，也是将在以后掀起波澜的机缘。在历史学家黄仁宇的眼中，其间的关系因果，恰为历史的重点，而我们的大历史之旅，也自此开始……
《万历十五年》是黄仁宇的成名之作，也是他的代表作之一。这本书融会了他数十年人生经历与治学体会，首次以“大历史观”分析明代社会之症结，观察现代中国之来路，给人启发良多。英文原本推出后，被美国多所大学采用为教科书，并两次获得美国书卷奖历史类好书的提名。