400万年前，为了逃离战乱连年的塞博坦星，被称为“微型金刚”的小型变形金刚种族驾驶宇宙船飞离了星球，然而，他们的太空船穿越时空之后，却坠落在地球上。
400万年后，一位名为雷德的地球少年和同学们不经意在太空船中发现了其中一架微型金刚，微型金刚复活的讯号也在同时传到了汽车人和霸天虎手上，为了争夺微型金刚，两军前往地球，并且继续在塞博坦星的战争......