第二季1－13话再编集。

第二季14－25话再编集。

U.C. 0079年10月。到地球战线赴任的年轻联邦军官西罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为分属敌对两方而不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，西罗和他的第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。

U.C.105年，距第二次新吉翁战争结束已过去了12年。因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民迁往宇宙的同时，也开始实施非人道的“人类狩猎”政策。
在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”在首领“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。
继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔二人思想和意志，在自己的道路上不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了，而这也是改变他们命运开始……