克隆战争已经进行了三年，共和国即将胜利，分裂联盟的格非特将军和杜库伯爵（克里斯托弗•李 Christopher Lee 饰）劫持议会首相帕尔帕庭（伊恩·迈克蒂安米德Ian McDiarmid 饰）潜逃，绝地武士欧比-旺•肯诺比（伊万•麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）和阿纳金（海登·克里斯滕森 Hayden Christensen 饰）奉长老院命前去营救，阿纳金杀死杜库伯爵救出帕尔帕庭，但格非特将军逃匿。阿纳金梦见妻子阿米达拉（娜塔丽·波特曼 Natalie Portman 饰）将死于难产，困惑中求助于帕尔帕庭，后者趁此机会离间阿纳金与绝地长老院。随着阿纳金向帕尔帕庭的靠拢，一场针对绝地武士与其所捍卫之民主的阴谋逐渐展开。
本片提名2006年第78界奥斯卡最佳化妆奖，并提名格莱美最佳电影电视等视觉媒体原创音乐奖。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

时空劳工局特工（伊桑·霍克 Ethan Hawke 饰）曾经奉命回到20世纪70年代，以阻止当年给城市造成巨大伤害的恐怖分子“闪灭炸弹客”的破坏活动。谁知他的任务失败，在经过漫长的康复后，他再度踏上征程，发誓要将闪灭炸弹客绳之于法。此番他以酒保身份混迹市 井，某天偶然结识了笔名“未婚妈妈”的作家（莎拉·斯努克 Sarah Snook 饰）。作家向他讲述了其匪夷所思的人生。当年作家曾是名叫简的孤儿，性格古怪的她在应聘太空公司失败后，短暂坠入爱河，并生下一名女婴，结果她的人生也发生了翻天覆地的变化。
特工打算带着“未婚妈妈”去杀掉那个负心汉，然而真相却并没有那么简单……