本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。
同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。

世界能源枯竭后，人们新建了巨型城市——绯斯市。绯斯市的中学生乌明路因撒谎次数过多被城市“系统”判定为恶人，并遭到邪恶物种“业障”的攻击。绯斯市派出谎言监察者怜恩来帮助乌明路“矫正”恶习。两人相遇后被卷入层层漩涡，那些不为人知的秘密也在缓缓揭开……

上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽。他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。雾山之中另有强大灵力的麒麟兽常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽们，因此自愿被封印于巨阙神盾之中。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一股腥风血雨……

建文等人为了救出七里，决定前往阿夏号，在阿夏号上遇到了女海盗七杀的刁难，艰难险阻之下救下了七里，但七里却因为自身背负的家族命运无法与建文离开，正当建文踟躇之时，燕王登基消息传来，又恰逢海藏珠现世，阿夏号上要召开比武大会；建文为了报仇，便下定决心要获得海藏珠的力量，开始苦练准备起比武大会。此时阴阳师等人复活邪神的阴谋也陆续浮出水面，建文在阿夏号上与阴阳师等人斗智斗勇。另一方面，骑鲸商团铜雀的到来，给七杀带来了新的消息，建文也许便是解开这一系列阴谋的“命定之人”，建文等人的故事又将走向何方呢？

故事发生在灵山，这里聚集着一群地界“没有希望”的人们。他们大多数穷凶极恶，被社会抛弃在灵山占地为王，第四代魁拔迷麟诞生于此。天界苦苦找寻魁拔无果，为了消灭魁拔，决心将灵山轰为平地。迷麟从困境中崛起，他的精神也一步步唤醒了灵山众人有血有肉的灵魂。迷麟率领灵山军横扫地界各国，与天为敌，成为一代君临天下的霸主。

在熙攘的人类世界里，很多妖精隐匿其中，他们与人类相安无事地生活着。猫妖罗小黑因为家园被破坏，开始了它的流浪之旅。这场旅途中惺惺相惜的妖精同类与和谐包容的人类伙伴相继出现，让小黑陷入了两难抉择，究竟何处才是真正的归属？