被热爱职业摔跤的父亲从小悉心培养长大的华园光（后藤邑子 配音）是个摔跤高手，她从没碰到过对手，直到泷岛彗（福山润 配音）的出现。为了打败彗，光说服父亲考进了白选馆学园高校，并进入了S•A班。所谓S•A班就是special A班，尖子班中的尖子班，只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗，还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光，S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯（代永翼 配音）和山本芽（高垣彩阳 配音）双胞胎兄妹；第五名的学院理事长的儿子狩野宙（下野紘 配音）；第六名的航空公司社长千金东堂明（生天目仁美 配音）；第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙（堀江一真 配音）。光一次次挑战彗的故事还在继续……

每三百年，將會出現一次由黑曜之君展開的舞姬之戰。在戰鬥過程中，舞姬（HiME：Highly - Advanced Materializing Equipment）（高次物質化能力）需擊倒無依者（ORPHAN）及其同伴，成為眾多 HiME 之中唯一的勝出者，終能得到黑曜之君所賜豫的力量：「媛星（ensei）」。HiME 將會依靠她們不同的武具（Element）和子獸『心之子』（Child）作戰，有的具備相當戰力，有的卻只能用作偵察情報。概念上，HiME 有權選擇於任何情況下使用能力與否，然而説穿了，就如黃金天使的歌一樣，她們只是籠中之鳥，沒法順利得到愛情也難以共持友情的少女。前半部劇情是對抗無依者（ORPHAN）及西亞斯（Searrs）財團，後半部劇情則為「蝕之祭」－HiME 之間的戰鬥。