乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。
所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。
不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

向往都市生活的少年竜之峰帝人受好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京，随后，帝人进入东京池袋来良学园上学。正臣告诉他，在池袋生活有几个绝对不能招惹的人物，尤其是生性好斗的小混混平和岛静雄和经营着情报屋的折原临也这两个人。正臣还告诉他，池袋有一个奇妙的组织体系，正体不明，仅仅知道这个街头暴力组织名叫“Dollars”。然而，没想到上京的头一天，因为正臣的话而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”……