故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。
值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！

该系列讲述了一个名叫“高人”的超自然邪恶殡仪员，把死人变成矮僵尸为他卖命，企图占领世界，他遭到了一个名叫麦克的小男孩的抵抗，麦克和哥哥乔迪以及好友雷吉共同面对这一威胁，努力阻止“高人”的邪恶计划。

《酷斯拉》上映后，许多欧美影迷给了它一个绰号：GINO，意思是“GodzillaInNameOnly”。延续电影的剧情，美日的两家公司共同制作了《哥斯拉：动画系列》，总共两季，亚洲区HBO曾在2000年播出过中文字幕版。在此系列中，尼克·塔特普洛斯意外发现了那颗没有被摧毁的蛋，刚好此时蛋孵化了，刚出生的哥斯拉因为对尼克不小心沾到哥斯拉蛋的羊水产生了铭印而亲近他，后来更和主角们一起帮人类对抗接踵而来的其他变种怪兽。动画版的哥斯拉和电影版的不太一样，因为要面对多种不一样的怪物，就要拥有强大的力量，制作公司刻意使动画版的哥斯拉近似原版的哥斯拉，所以让它也可以吐出强力的热线，拥有日版一般坚硬的皮肤，导弹之类的武器已经无法伤他分毫。动画的剧情走向很好，对人类内心的黑暗也进行了刻画。比起索尼电影版《酷斯拉》更受原著迷的认同。