这是一个魔女与人类共存的世界，为保证魔女身份不被揭穿，被人类发现真实身份的魔女会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能解开魔法。一次偶然中，一直梦想能够成为魔女的Doremi识破了魔女莉卡的身份，无奈之下，莉卡将春风收为见习魔女。春风须经历漫长而艰苦的修炼，通过魔女考试才能获得魔女资格。

故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等。顺带一提，虽然香港和台湾的小魔女DoReMi相关产品（漫画、精品等）仍然遵照下述译名，但动画部分，无线电视播放的版本一律称为《小魔女DoReMi》，并不作任何区分，东森幼幼台方面则是以第几部来区分。

　蕾是个非常喜欢花草植物的中学二年级生，绘里香是个喜欢服装设计的中学二年级生，某日她们梦见了在一个充满美丽花草的地方，还有妖精四处飞舞····· 　　而就在几天后转学到明堂学园的蕾，真的遇上了在梦里见到的妖精，妖精也向蕾表示，希望她能够为守护“心之大树”、并让大家的“心之花”绽放而战······一次偶然的机会，绘里香也加入了进来，和蕾成为了光之美少女……

随着在24世纪“Inflation Hole”的发现，利用“Inflation Drive”以超光速从太阳系向外层空间进行旅行成为可能。在太空中，从地球开始，每32.6光年就有一处为“Inflation Drive”服务的空间拉力站，它们被称作"Watcher's Nest"Kureha Misaki，是被称为"Seraphim"的特种部队组织的成员，她与另外三位女性队员- Susanna, Luxandora, and Kiri－在完成在太阳系进行的训练后正前往她们的下一站"Watcher's Nest"。但是，正在等待她们的是来自平行宇宙被称为"Ghouls"的可怕生物通过Inflation Hole的入侵。

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。

　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！

　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

故事改外编自微软同名游戏。公元2552年，因为地球人口太多，人类不得不开始向星际间的殉众多行星移民，以开发新的空间。在某个太空移民组织突然消失后，派去调查此事的舰队仅有一艘战舰返回了基地。从此，外星种族星盟(Covenant)对人类的侵略就拉开了序幕，星盟的科技远远胜过于地球，逼得地球的军队节节败退，最后人类只好准备前往远方未探测过的宇宙寻求一线生机。在探测过程中，指挥官与他的组员被星盟舰队发现并追上。紧急关头，他们发现了Halo，一个巨大的异形环状世界，那里有着一万公里的直径与可呼吸的气体。在这个巨大的具有生命的圆环里，居住着不可思议的生物、奇特的植物、扭曲的地下巢穴、巨大的山脉，以及数不尽的充满怒气的异形。在飞船被击毁之后，部分的人类组员登陆在Halo的表面上开始了一场与星盟的战争……

紅葉みさき等四名少女是特殊部隊“セラフィム”的候补生，为了成为正式成员而在ウォッチャーズ ネスト闻鸡起舞。但是她们并不知道，真正的敌人异型生命体“グール”有多么可怕……