西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。

确认于1999年9月9日零时9分9秒太阳系第10行星“拉美图惑星”会最接近地球。住在东京郊外的某城市的初中生的少年·雨森始(雨森初)，由于从学校回家的时候在自己的家的电子铁工所发生了的爆炸事故失去了父母。自己也被卷进爆炸，在住院处的医院遇到神秘女性·雪野弥生(雪弥生)据说是叔父雨森所长在筑波山天文台的助手。爆炸事故前后，在雨森始(雨森初)周围开始发生奇怪的事件。出现谜一样的神秘组织‘1000年盗贼’。不久，雨森始(雨森初)知道雪野弥生(雪弥生)的真正身份是拉美图派遣来引导地球的‘1000年女王’。并且命运的时刻“1999年9月9日零时9分9秒”，正在一刻一刻地迫近。

23世紀初頭、星間国家ボラー連邦と新興帝国ガルマン・ガミラス帝国との間で、銀河の覇権を争う銀河系大戦が勃発。ボラー連邦の属領バース星をめぐる戦闘で、ガルマン・ガミラス帝国軍の使用した惑星破壊プロトンミサイルが流れ弾となり太陽に命中。
地球連邦大学のサイモン教授は、太陽で起きている核融合の異常増進に気づく。このまま進行すれば、1年以内に地球は灼熱地獄となり人類は滅亡し、3年後には、超新星爆発を起こして太陽系自体が消滅する。観測データと導きだされた結論を地球の危機として警告を発するが、地球連邦政府は事態の深刻さを理解するどころか、サイモン教授を大学から解雇する。
ただ、地球防衛軍司令長官藤堂平九郎は、サイモン教授の警告を重く受けて止めていた。最悪の事態に備え、ヤマトを第2の地球探しの特務艦として、銀河系中心方向に派遣することを決定。長く艦長代理を務めてきた古代進を正式に新艦長として任命。補佐役として島大介及び真田志郎を副長に任命。また、土門竜介、揚羽武ら新人乗組員を乗船させ出航準備を進めさせる。暁の日本アルプスの雪原から、ヤマトは人類が移住可能な惑星探索に旅立つ。

在被称为宇宙中心的行星拉美达尔，一场暴乱正为这颗步入灭亡的行星雪上加霜。在人工太阳等各种尝试失败后，美丽冷傲的女王不惜将自己机械化，以取得长久的生存。在往昔岁月里，她已将无数子民机械化。然而有的人类不愿意丧失作为人类的尊严，他们组成武装力量，悍然发动叛乱。叛军最先绑架女王继承人美特尔（雪野五月 配音），任凭纳斯卡（斎賀みつき 配音）如何呼唤，军人依旧准备行刑。关键时刻，女王挺身而出，虽然她反复声明机械化的必要和理由，但是本愤怒冲昏头脑的人类无法遏制自己的暴行。机器与人类的战争一触即发，趁乱逃出的美特尔则试图找到这颗行星的秘密…… 本片根据松本零士的原作改编。

名作动画《宇宙战舰大和号》的翻拍系列的1部作品，在1980年上映的剧场动画《永远的大和号》加上了新的解释，重新构成了全7章（全26集）动画。