公元2199年，历经千难万险的宇宙战舰大和号终于凭借次元波动引擎抵达伊斯坎达尔星。几经修整，人类决定启程离开大麦哲伦银河，谁知却在大麦哲伦的外缘遭遇一支神秘机动部队的刁难。对方正是来自白色彗星帝国、以蛮横勇猛著称的战斗民族加特兰蒂斯。该部队的指挥官是帝国远征军大都督，人称“雷鸣”的哥兰·达卡姆。哥兰蛮横无理地要求地球人交出军舰，在遭到拒绝后，他突然祭出最新式的武器——火焰直击炮。千钧一发之际，大和号躲开了火焰直击炮的攻击，却不小心进入了一个灰蒙蒙的神秘空间。军舰仿佛有了自己的意识，自顾自朝着未知的星球行进。为了尽快找到回去的方法，古代进、桐生美影、泽村、新见、相原等五人奉命登陆该星球搜集信息。在那里他们意外发现了本不该存在的军舰以及在七色星团战役中落败的加米拉斯士兵，而对方已困在这里很长的时间。未过多久，加特兰蒂斯的部队尾随而至，哥兰惊讶地发现这正是他们一直苦苦寻求的宝藏之星…… 本片在日本国内89块银幕同时公映，首周初登场排名第一位，观众满意度排名第五位。

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……
本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。

未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常生活中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。
少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的帮助，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程……
本片为《银河铁道999》第一部剧场版动画。