燕赵大战，燕王受重伤，大将慕容雪虎（甄子丹 饰）临危受命。燕帅（郭晓冬 饰）因妒生恨，弑君谋位。大王惨死，举国悲恸，根据大王遗愿，欲传皇位于慕容将军，而燕帅多有阻挠。情急之下，大王之位只能传于手持大燕传国之宝——飞燕刃的公主燕飞儿（陈慧琳 饰），慕容将军尽忠职守，全力训练燕飞儿。不料公主离奇失踪，飞虎将军难辞其咎。燕飞儿被燕帅派出的杀手追杀并身中毒箭，幸被隐士段兰泉（黎明 饰）所救，一时难以回营。此时燕帅排除异己，欲自立为王。燕飞儿不久后回营却正值赵兵进犯之时，而燕帅为求王印，按兵不动。前有劲敌压境，后有逆臣虎视眈眈，公主带领众将生擒赵王父子，却放他们返回赵国。燕帅称王不成反受到惩罚，燕飞儿登基在即却放弃王位，传位于慕容雪虎后返回山林找段兰泉过起神仙眷侣般的生活。燕帅并没有善罢甘休，又一场血雨腥风的笼罩在风雨飘摇的大燕国上空……

Maise（陈慧琳 饰）与男友高桥裕二（仲村亨 饰）相恋多时，高桥却在结婚当天突然失踪了。Maise决定前往东京寻找高桥，同时装修师父毕大勇（郑伊健 饰）为了追逃Maise欠下的装修费用，便决定跟着她前往东京。互相不信任的二人到了高桥在东京的家，遇到了一直跟踪高桥的私家侦探林贵仁（梁朝伟 饰），原来高桥与黑帮伊藤（阿部宽 饰）的妻子有奸情，于是失踪了。三人最后联手起来，决定一定要找到失踪的高桥，与黑帮抗争。随着追踪的层层深入，Maise也知道了高桥、毕大勇还有林贵仁的真实身份。

刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。