从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。

宇宙世纪U.C. 0071年，离开SIDE 3慕佐自治共和国后的第3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在迪亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…
此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动战士。

无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……

战后复兴的东京，、少年侦探金田正太郎和他的“铁人28号”一起解决了一个接着一个的困难事件。但是在战争中行踪不明的正太郎的哥哥出现在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU代替）。为了战争而接受铁人操控训练后返回日本的SHOUTAROU却得知了博士的遗言为“将铁人留给弟弟正太郎”。而现在的日本也已恢复了和平，他的存在似乎变得毫无价值。但SHOUTAROU还是接受了这个现实，并向弟弟正太郎传授铁人的操纵技术。与此同时，东京埋藏着“废墟弹”的事实也被暴露了出来，那是铁人28号的开发者金田博士研制出来的最终兵器。如果这个武器爆炸的话，东京将化为一片灰烬。SHOUTAROU传达了金田博士的另一个遗言：废墟弹的所在地只有铁人才知道……。
于是正太郎一行人开始积极准备废墟弹的回收处理工作。但却突然出现了一个名叫“白昼的残月”的复员兵人。他指责正太郎没有持有铁人的资格，并不断的企图杀死正太郎，干扰回收工作。
现在，被铁人和废墟弹掩盖起来的可怕事实正在慢慢变得清晰……

看不到一点绿色的荒漠中央，一辆越野车载着数名全副武装的人类疾驰而过。他们来到了那座早已成为废墟的大都市，寻找各种可以回首的有用材料，同时执行这一项极其危险的秘密任务。他们的举动很快就被对手发现，那是一辆战争时期遗留下来的智能战车，它可准确感知对手的存在，并第一时间发动毁灭性的攻击。战士们按照原定计划展开合围，可是根本抵挡不住机器战车的猛烈炮火。
死一般沉寂的都市，人和机器的战争逐渐升级。可叹的是，人类制造出如此精良的武器，却用它来毁灭了文明，毁灭了自己……

本片由四个短片组成。《九十九》健硕的手艺人在山中突逢暴雨，他仓促间在一座祠堂歇脚，谁知里面别有洞天。被人用烂丢弃的雨伞和绸缎将他团团围住，手艺人不为所惧，拿出随身携带的针头线脑缝补这些充满悲怨的旧物。《火要镇》商人之女若（早见沙织 配音）和邻家男孩年松吉（森田成一 配音）青梅竹马，两情相悦 。但是家境悬殊的二人终究有缘无分。即将出嫁的小若不慎引燃烛火，可在那一刻她却突然停止灭火呼救的念头。
《GAMBO》某座山村饱受巨大的赤鬼困扰，村民不得不将少女奉献出去以求苟存。村中最后一个女孩（田村睦心 配音）在森林里遇见可怕的白熊，她诉说了心中的苦衷，而白熊却像听懂了一般杀向赤鬼的老巢。《别了武器》一伙全副武装的战士来到早已成为废墟的都市，他们高度戒备，全力备战，只为围捕一辆无人驾驶的战车。

小铃（能年玲奈 配音）是一个整日里慢慢腾腾迷迷糊糊的姑娘，最大的爱好就是画画。眼看着到了嫁人的年纪，在父母的安排下，小铃来到了吴市，嫁给了名为北条周作（细谷佳正 配音）的男子，成为了北条家的媳妇。
径子（尾身美词 配音）是周作的姐姐，带着女儿晴美（稻叶菜月 配音）住回了娘家。和贤惠老实的小铃不同，径子性格张扬而泼辣，虽然她常常对唯唯诺诺的小铃感到不满，但两人之间的感情其实十分要好。战争开始了，越来越多的战斗机飞过天空，刺耳的防空警报声常常划破夜晚的宁静，战争的阴影一点一点的覆盖着北条一家人的生活。在一场空袭中，晴美不幸遇难，小铃亦失去了右手再也无法作画，然而，在如此残酷的时局下，一家人依然没有放弃对生存的渴望。

9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人间寻找弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）。怪物界的宗师（津川雅彦 配音）即将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间产生，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫。借此机缘，莲闯入了怪物世界，他和熊彻之间争吵不断，可是在冲突的过程中似乎又渐渐认同彼此。转眼间莲（染谷将太 饰）已成长为武功高强的落落青年，他无意中回到人间，重拾了失落已久的身份和感情。
与此同时，决定宗师的日期一天天临近，谁也没有想到的意外却发生了……