故事发生在二十一世纪初年，一场浩大的灾难让“生府”取代了原有政府，成为了国家最高领导组织。经过死亡的洗礼，人们开始格外重视生命的重要性，于是，政务在居民们体内植入了“WatchMe”设备，以检测和介入他们的健康状况，这也就意味着，身体不再是属于个人的所有物，而是被列入了国家管理的范畴，自杀更是无可饶恕的重罪。
雾慧图安（泽城美雪 配音）、御冷弥迦（上田丽奈 配音）和零下堂吉安（洲崎绫 配音）是三位对现存制度产生了疑虑的少女，在弥迦的带领下，她们准备自杀以挑战制度，可是最终弥迦死了，计划失败。一晃眼多年过去，雾慧和吉安重逢，与此同时，全国各地发生了数千起集体自杀的案件，而这背后的真相和弥迦当年的死有着千丝万缕的关联。

U.C.105年，距第二次新吉翁战争结束已过去了12年。因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民迁往宇宙的同时，也开始实施非人道的“人类狩猎”政策。
在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”在首领“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。
继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔二人思想和意志，在自己的道路上不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了，而这也是改变他们命运开始……