故事发生在遥远的2061年，网络成为了维系社会平衡不可或缺的存在，并且已经发展到了凭借意识就能够自由连结的地步，然而，网络的极度发达带来的却是个人信息的不断泄露和被篡改，并且因此而引发了一系列严重的社会问题，犯罪事件频发。
为了保护个人隐私和安全，一个名为“Meta Real Network”的新型网络空间被发明了出来，在那里，名为“Bubble Shell”的防火墙保护着人类的记忆不受侵犯，然而，在这绝对安全的空间里，却有一批犯罪分子利用网络空间的漏洞进行着全新模式的犯罪，为了将这些罪犯捉拿归案，名为“电脑Diver”的探员们出动了，在解决事件的同时，探员们亦在慢慢靠近真相的核心。

乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。
所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。
不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

在与帝爱组会长兵藤和尊（津嘉山正種 配音）的对决中，伊藤开司（萩原聖人 配音）马失前蹄，欠下对方高达一千万日元的债务。由于无力偿还，开司被帝爱组投入地下的设施内进行强制劳动。在接下来的15年里，他将毫无希望地在这所人间地狱内工作直到还清所有帐务。而逃出这里的唯一希望就是那张“1日外出券”。地狱有地狱的法则，外出券需要付出相当大数额的代笔来获取。为了那一线希望，开司再次投入赌局之中。相比地上世界的赌坊，这里充满了更多的欲望、贪婪、诱惑以及罪恶。对开司来说，这无疑是一次刀尖上的舞蹈……
本片根据日本漫画家福本伸行的原著改编。

本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。
雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……