经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……
本片根据松井优征的超人气漫画改编。

木之本樱，是擅长体育的小学4年级学生。某天，小樱从学校回家，在平常都没有人的地下书房发现似乎有什么人的样子。小樱走下去一看，那里有一本闪耀着金色光芒的书。里面装有牌，然而，在读写在上面的文字的时候，刮来了剧烈的风，牌四处飞散开去。从书的最后，出现了名为可鲁贝洛斯的奇妙生物，书中写着“库洛牌的封印被解开之时，灾难就会降临世间”之类的话。随后，可鲁贝洛斯将封印的钥匙交给了小樱，令她成为收复牌的魔卡捕获者。当晚，小樱用魔法与实体化的魔卡对决……

这是发生在一个虚构的城市里面的故事，在一个很平常的日子，直太与真见美在一起，突然出现一位行为怪异的女人-晴子。

骑着电单车对直太撞个正着，在晴子的‘人工呼吸’下被救活的直太，紧接遭到吉他往头部个正着，这一下也打开了这故事的开端。

在之后，直太的头部就不断出现一些怪东西，但也在晴子以及第一个从直太头部出来的电视机器人-健次 的攻击之下一一解决了。

尤其是在紧急的时候，直太想起一想哥哥，自己或着健次头上出现的迷样符号，使其力量大增，突破困难。

后来发现，原来晴子是为了拯救自己的对手兼喜欢的人-雅特 为目的来到此地，后来出现了一位似乎很了解晴子的身份不明男子-亚麻 罗宇一度想阻止直太帮助晴子，但最后直太还是选择了晴子……

在外人看来，宫则雪野（榎本温子 配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女孩。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻 配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。

美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第三新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14 岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。