「有一种巨人无论生在什么时代，都只会为了自由而不断前进，为了自由而不断战斗，它的名字是——“进击的巨人”」关于墙外的真实和巨人的真面目，逐渐地被揭露了出来。为了实现这个目标，人类付出了巨大的牺牲，在他们的不断前进下，他们终于可以看到自由的象征，墙外世界才能看得见的海。时光流逝，离第一次「超大型巨人」的袭击过去了6年后，调查兵团跑出玛利亚之墙外进行着调查「以前我一直相信，墙的外面有海，海的那边有自由...」墙内的人类，第一次面朝大海。但真的和梦想一样，那广阔的地平线的那边真的有自由吗？艾伦·耶格尔的故事，即将迎来新的局面。

故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正 配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步 配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。
华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者The One的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎 配音）的牧师。