故事的男主角柔泽十是个就读于私立樱雾高中二年级的不良少年，过着孤独的自甘堕落的生活。但某天忽然被一名叫堕花雨的女孩子宣誓忠诚。虽然柔泽十对少女奇怪的言行感到困惑，但他也渐被堕花雨真挚的言行所打动，逐步接受了她的存在。可是由于在一起连续马路杀人魔的案子中，自己的同学也成了受害者，阴差阳错之下使柔泽对雨产生了不信任感，于是男主与雨在同伴的协助下，开始了寻找真相之旅……

这是个网络覆盖着世界，情报网络化进展快速的时代．人们的真实空间和假想情报网络空间都在发展着．
可以自由侵入网络的ハッキング集团（草原之狼）其中一员相马透在完成组织最后的活动，侵入国联军的数据库时组织里的朋友及领导都丧身了，本人也因此被军队抑制．为了获得自由他加入国联军黑客部队国联军治安维持局情报管理系第一小队．透一边处理不习惯的军队生活，一边寻找杀害友人的仇人．在这个小队里成员也因不同原因加入．他们同恐怖组织安全性企业 军队做战 其中发生了很多事，这些事并不都是偶然的，象是被什么吸引着，集聚到一件事上...

魔法。自从成为真正的技术以来还不到一个世纪，今春，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女将入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生，少女的名字为司波深雪。梦想着和一同入学的兄长，达也过着亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生，优等生与劣等生的高墙。