杀人越货的罪犯连续神秘死亡，人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主，警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断，基拉有97%的可能性身在日本，于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前，L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时，泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月。不料，多年的搭档老渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决老渡所留下的任务。直升机送来了一箱给老渡的礼物，里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知，该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时，少女真希带着父亲的遗物来找老渡，她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到，L带着两个孩子开始了逃亡。还剩下6天，一向不擅长户外活动又失去了左膀右臂的L能否脱离危机？能否消灭人类制造可怕的死神？

死神硫克把一本“死亡笔记”遗落人间，被天才少年夜神月（藤原龙也 饰）拾到，月利用“死亡笔记”制裁了许多法律的正义无法制裁的犯人，他自称以“KILLER =基拉”为名的“救世主”，利用自己的双手制裁犯罪者，构筑理想中的世界；一连串杀人事件引起了ICPO（国际刑警组织）的注意，派出了天才侦探L（松山健一 饰）进行调查，步步逼近，和月斗智斗勇……两个自认代表正义的天才的对决。

拥有超强推理能力的小Q（神木隆之介 饰）在侦探学园学习，梦想是成为一名侦探。与他有相同志向的同学还有，美南惠（志田未来 饰）：拥有过目不忘的能力；天草流（山田凉介 饰）：推理天才，但身份成谜，背后影藏着秘密；鸣泽数马（若叶克实 饰）：电脑高手，收集情报能力强；远山金太郎（要润 饰）：运动强人，热血少年。侦探学园的五人组各自发挥自己的长处密切配合，联手解决了城里不少案件，破了不少谜团，而流背后的故事也随着案件的加深被一一道出。
本剧根据佐藤文也的同名漫画改编，而漫画则改编自天树征丸的小说。二人之前还合作过大人气作品《金田一少年之事件簿》。