故事发生在一座名为堕天城的城市之中，它夹在天堂和地狱之间，是一座充满了危险和奇遇的城市。近日来，城市里出现了邪恶的恶灵，他们依靠袭击市民们为生，这令市民们人心惶惶人人自危。
Panty（小笠原亚里沙 配音）和Stocking（伊濑茉莉也 配音）本是两位天使，却因为他们桀骜不驯的作风而被逐出了天堂，来到了堕天城。在这里，姐妹两人遇见了名为Garterbelt（石井康嗣 配音）的神父，在这位拥有着神秘过去的神父的带领下，Panty和Stocking成为了恶灵狩猎者，通过狩猎恶灵得到天堂金币，当天堂金币积攒到了一定的数量之时，Panty和Stocking便可以借此重新返回天堂。就这样，两人在堕天城的日常就此拉开了序幕。

2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。
经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……

结城新十郎（胜地凉 配音）是一名侦探，在得力助手因果（丰崎爱生 配音）的帮助下，破解了一个又一个神秘诡异的案件。从表面上看来，因果是一个俊俏的少年，但他的真身是一个能够吞噬灵魂的神秘女人。而所发生的一连串案件，似乎和因果特殊的能力脱不了干系。
新十郎的竞争对手海胜麟六（三木真一郎 配音），经常将父亲麟六的情报透露给新十郎的可爱少女梨江（山本希望 配音），强势能干的检察官虎山泉（本田贵子 配音），警察局课长速水星玄（入野自由 配音），一个又一个亦敌亦友的角色出现在了新十郎的周围，而在他们交织的背影之后，隐藏了一个惊人的秘密。

故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正 配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步 配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。
华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者The One的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎 配音）的牧师。