故事时间为2009年4月。10年前因事故而失去双亲而由亲戚养育的主角，因为家庭的事情而转校到小中一条龙学校“私立月光馆学园”的高中部中。在入住学生宿舍后不久，他被奇形怪状的怪物“阴影（Shadow）”袭击，令隐藏在他体内Persona的能力苏醒。