分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。
哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。
而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。
兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

故事发生在十八世纪的法国，此时的王朝正处于深受人民爱戴的路易十五国王的统治之下。在美丽的繁华大都市巴黎，鲜花和歌舞的背后，潜伏着无边无尽的罪恶和黑暗。这天，一位名为丽雅德（水野理纱 配音）的女子的灵柩飘过水面，牵扯出了一个牵扯到了整个欧洲的惊天秘密。
德恩（泰勇气 配音）是效力于路易十五的秘密警察，近日里接连发生的女子失踪事件让居民们陷入了恐慌，让德恩再也没有想到的是，自己的姐姐丽雅德，竟然也会成为凶徒的手下亡魂。作为案件的负责人，德恩展开了调查，然而随着时间的推移，德恩渐渐发现，这一切，并不是人们所想象的那么简单。

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。
本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。
在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。