毛查查（丘梅君 配音）出生在毛球星，他和弟弟毛啦啦（林丹凤 配音）、妹妹毛噜噜（沈小兰 配音）一起千里迢迢来到了地球，只为了寻找传说中的莫哈拉达摩佳宝藏。在地球，毛查查一行人偶然遇见了善良的空夫（蔡惠萍 配音）和美琪，毛查查更是成为了空夫家中的暂住客。
在空夫的帮助下，毛查查踏上了寻找宝藏的旅途，同样在寻找宝藏的，还有毛查查的旧相识毛毛查（谢洁贞 配音），毛毛查立志要在毛查查之前找到宝藏，因此两人之间的竞争十分激烈。在寻找宝藏的过程中，毛查查和空夫一起经历了磨难，遭受了考验，两人之间结下了深厚的友谊，那么他们最终能否顺利找到宝藏呢？

U.C. 0079年10月。到地球战线赴任的年轻联邦军官西罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为分属敌对两方而不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，西罗和他的第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。