在一个音之世界，这里的人是由灵魂和音乐晶体两个部分组成。这个世界里有一种神秘的植物，能生长出红色的音乐水果，人们都靠其生活。而长出的坏的果实被称为"噪音种子"。大家都不喜欢这东西，将它作为垃圾处理。一个邪恶的弗兰肯博士，发明了一部能分离灵魂和晶体的机器。并用这机器创造出了一种叫Noiseman的神秘音响生命体。博士四处收集噪音种子，制作出了一种成长液，培育出了一个超大号Noiseman。但在这次试验中博士不小心让自己给吸入了那个分离机器，分离机一吞一吐丢出两样东西。一边是分离后得出的能发出美妙声音的音乐晶体。另一边则是只剩下灵魂的一脸囧样的小鱼人。Noiseman看到博士被分离后的音乐晶体被深深吸引，非常喜欢。对只能发出微弱杂音的小鱼人却极端厌恶。邪恶古怪的Noiseman手持分离机控制器开始为非作歹。利用分离机制造更多的音乐晶体，摧毁音乐水果树，并疯狂扫荡残余小鱼人。控制了整个音之世界。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

《机器人嘉年华》荒芜穷困的沙漠村落，一幢标着“机器人嘉年华”的庞然大物突然出现，绚烂的烟火和奋进的音乐伴随着阵阵欢呼声，共同展开了对人类的杀戮；《弗兰肯德齿车》电闪雷鸣，风雨交加，阴森古堡，疯狂的科学家制造的机器人即将苏醒，但是意外突然发生；《DEPRIVE》入侵的外星机器人虏走了可爱的小女孩，她的机器人伙伴发誓闯入敌营救出女孩；《PRESENCE》他拥有富足的生活，却忍受着压抑的婚姻，于是渴望造出一个完全听命于自己的机器人少女；《星光天使》游乐场内，突然失恋的女孩被拾到项链的机器人带入虚拟世界玩耍，经历了前所未有的大冒险；《云》一个机器人少年独自行走，身边的云朵变化万千，如梦如幻；《明治文明奇谭—红毛人来袭卷》一个疯狂的西洋科学家操纵者机器人登陆明治时期的日本，日本年轻人则造了一个木桶机器人迎战；《庭鸟男与红脑袋》醉酒男子无意中闯入机器人统治的街区，他将经历惊险恐怖的一夜。

这是城市里宁静的一天，阳光明媚，一道彩虹横跨城市的外延。少女阳子与朋友煲电话粥，时近中午，她的小猫由纪却还不来吃饭。要知道，由纪从来不会错过自己的午餐。阳子有些着急，她出门四下寻找，几个男孩子告诉她曾在传说中的“鬼屋”见到小猫。阳子径直前往。
在这里，阳子发现诸多超自然的现象：悬浮地面上的易拉罐、凭空消失的物体、局部下雨的顶棚和缓慢飞行的鸟儿。男孩们似乎对此颇为熟悉，他们快乐地玩着反地心引力的游戏，阳子也开始痴迷其中。欢乐的孩子们不知道，有些人并不希望他们开到这番景象……

《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。