故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。
少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。
狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……

据日本媒体报道，人气动漫《名侦探柯南》的全新特别篇作品《名侦探柯南：章节ONE 变小的名侦探》预计将于今年冬季播放。据悉，该剧由漫画原作者青山刚昌全面把关，对1996年1月8日播出的TV版第一话“云霄飞车杀人事件”未详尽描述的细节部分，例如各个角色的举动以及内心活动等进行了进一步的展开，并埋下了关系到之后800多话剧情的伏笔，是一篇全新的“起始章节”。《名侦探柯南》是一部讲述小学生侦探柯南解决众多疑难案件的人气漫画，1994年开始连载于《周刊少年Sunday》（小学馆发行）。TV版动画于1996年开始播放，次年开始制作剧场版动画。在TV版动画第一话“云霄飞车杀人事件”中，高中生侦探工藤新一和青梅竹马的女友毛利兰在多罗碧加乐园约会时遇到了杀人事件。身为侦探的新一揭穿了这场杀人事件的骗局，不料却在目睹了行动诡异的黑衣男子的交易场景之后，遭到背后袭击并被灌下神秘组织新研发的毒药Apoptoxin 4869，醒来时身体便回到了孩童状态。据介绍，本次的全新作品《章节ONE》是纪念TV版动画播放20周年的2小时特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin 4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。此外，剧中还会解开新一与小兰去多罗碧加乐园约会的理由等谜底。据悉，《章节ONE》凸显了主要角色的魅力，解释了与黑衣组织的关系等，将《名侦探柯南》的整体设定清晰明了地呈现在观众面前。

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋（千人斩拔刀斋）（人斩り抜刀斎）。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。

明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。
当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。
这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……