距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。
忙着找工作以及和女友卡莉（罗茜·汉丁顿-惠特莉 饰）经营爱情的山姆（希亚·拉博夫 饰）无可避免地卷入其中，他渐渐发现霸天虎的操纵一切的阴谋，却不知更大的阴谋和危机隐藏在那月影背后……

该剧主要围绕于愤世嫉俗的疯狂科学家瑞克·桑切斯和他容易受挫折的外孙莫蒂·史密斯在自己的生活和其他异空间穿梭的奇妙冒险。

这是城市里宁静的一天，阳光明媚，一道彩虹横跨城市的外延。少女阳子与朋友煲电话粥，时近中午，她的小猫由纪却还不来吃饭。要知道，由纪从来不会错过自己的午餐。阳子有些着急，她出门四下寻找，几个男孩子告诉她曾在传说中的“鬼屋”见到小猫。阳子径直前往。
在这里，阳子发现诸多超自然的现象：悬浮地面上的易拉罐、凭空消失的物体、局部下雨的顶棚和缓慢飞行的鸟儿。男孩们似乎对此颇为熟悉，他们快乐地玩着反地心引力的游戏，阳子也开始痴迷其中。欢乐的孩子们不知道，有些人并不希望他们开到这番景象……

在虚拟世界的武道馆里，和暖的阳光轻柔地洒在榻榻米上。房屋的两端，各站立一名黑人男性和黄皮肤的女性，他们是奥西里斯号的领导者：桑德斯（凯文·迈克尔·理查德森 Kevin Michael Richardson 配音）和茱利娅（帕尔玛·艾德隆 Pamela Adlon 配音）。此 时他们正在进行一场盲剑对决，不同的是你来我往、刀光剑影之间没有深仇大恨、血腥杀气，反倒是相互试探、你侬我侬。正当他们的身心贴近之际，桑德斯和茱利娅被迫觉醒，回到黑暗危险的真实世界。奥西里斯的行踪被章鱼群探明，它们成群尾随着这艘绝命而逃的飞船，如同嗅到血腥气息的恶狼死追不放。
生死存亡关头，桑德斯和茱利娅必须在真实和虚幻的世界面临生离死别……

蟹堡王毗邻本店的二号店即将开张了！海绵宝宝满心期待，以为分店经理一职非自己莫属，然而蟹老板却以他不够成熟为理由，将分店交给章鱼哥打理。同时看着蟹堡王做大的痞老板再出毒计，他偷走了海王星国王的王冠，并嫁祸蟹老板，盛怒的海王星要处死蟹老板，但为了拿回王冠，给忠诚的海绵宝宝和派大星六天时间，让他们去无人能够生还的贝壳城取回王冠。而痞老板得逞后偷走了蟹老板的蟹黄堡配方，生意迅速大热，他趁机把能够操纵思想的头盔赠送给顾客们，要通过控制海洋生物称霸世界。另一面，海绵宝宝和派大星踏上了无厘头又凶险万分的寻冠之路，前往传说中独眼巨人栖息的贝壳城……

军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。
此时主人公萨姆（希安·拉博夫 饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯 饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。
萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。

Nickelodeon和Paramount家庭娱乐公司将要在3月3日发布一个新的DVD动画-海绵宝宝对大块头，它包括以前DVD上没有的新的6集，加上这次的标题，这部DVD可以说是全新系列。其中新的故事除了以前的配音演员还包括演员约翰尼·德普（曾出演加勒比海盗）。

在第三季中，瑞克和莫蒂到亚特兰蒂斯旅行放松。瑞克还把自己变成腌菜，并且跟总统一较高下。