サマーフェスから1か月が過ぎた頃、346グループ会長の娘で、米国の関連企業から戻ったばかりの美城常務がアイドル部門の統括重役として赴任する。成果が上がるまでの時間がかかりすぎている346プロの現状を問題視する常務は、全プロジェクトを解体して白紙に戻し、有望なアイドルを見定めて彼女らを中心に据える346ブランドの強化案を実行に移した。フェス後に順調に仕事を増やしてきたCPも影響を受け、プロジェクトルームも30階のオフィスから地階へと移ることになる。画一化されたアイドルの理想像を提唱する常務に対し、アイドル各人の個性の成長を重視するプロデューサーは対案として「シンデレラの舞踏会」企画を提示し、今期末（冬）までに一定の成果を出すことを条件に自由裁量権を得る。
強引な改革は346プロを徐々に変えていく。常務が有力なアイドルへの働きかけを続ける裏で、CPは「舞踏会」の為に更なるスキルアップに励み、その過程で常務の路線に難色を示す他部署のアイドルをも巻き込んでいく。やがて常務は自ら選抜したアイドル達で構成される新企画「Project:Krone」を発表するが、そのメンバー候補の中にはアナスタシアと凛も含まれていた。アナスタシアは自身の成長のためにあえて参加を決意し、その意を受けた美波と、CPの枠を越えてアイドル各人の将来を考え始めたプロデューサーの承認を受けて「LOVE LAIKA」との掛け持ち態勢に移る。一方、同じく「Krone」に選ばれた中学校時代の同級生・北条加蓮と、その相棒・神谷奈緒とのユニット「トライアドプリムス」に惹かれる「なにか」を感じた凛は卯月と未央に相談を持ちかける。未央は一度は「Krone」への参加に反発するが、凛が求めている「なにか」を自分なりに確かめるため、自分もソロ活動に挑戦することを宣言し、凛の背中を押す。
常務から各部署の査定会を兼ねるオータムフェスに急遽参加を求められたプロデューサーは、他部署からの応援を加えてCPを再編成する。

故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。
平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。