《劇場短編マクロスF ～時の迷宮～》是一部完全新作的短篇故事。故事发生在超时空世界，主要围绕着超时空偶像“兰卡·李”展开。她在巡回演唱会期间，偶然来到了被称为“灵魂之井”的神殿遗迹。这个遗迹据说是由原始文明留下的，是一个神秘的空间，可以与神明和已故之人交流。此外，由菅野洋子制作的最新歌曲“时の迷宮”再次将我们带入了这个超时空的世界。

打造一个所有人都能读到书的世界成为神殿的青衣见习巫女的梅茵，和路兹、多莉以及孤儿院的孩子们一起制作了儿童用的圣典绘本。对书本的热情有增无减的梅茵，赋予了约翰与海蒂"古腾堡"的封号后，向下一个目标"活版印刷"迈进。然而，梅茵的前方却是一片乌云笼罩。察觉到拥有强大魔力与奇异知识的梅茵具有利用价值的贵族、以及对梅茵怀恨在心的贵族，暗中盯上了梅茵。