宇宙世纪0088年，经过格利普斯战役，提坦兹（Titans）被消灭，奥古（AEUG）的实力也大大削弱。吉恩军残余部队在摄政王哈曼・坎恩的率领下趁机以“新吉恩”的名义称霸地球。

在格利普斯战役中受损的奥古军宇宙战舰“阿伽马号”临时停靠在Side1的殖民卫星“香格里拉”。此地经营废品回收业务的捷度・阿西塔和朋友们盯上了阿伽马内的Z高达，准备偷出来卖钱。恰好此时与阿伽马敌对的新吉恩军巡洋舰“安多拉号”也来到了香格里拉，捷度等人被卷入了战斗。

宇宙世纪U.C. 0079年，人类的战场正式进入宇宙。势如破竹的吉翁军发动了不列颠作战，由于在战争中太空殖民基地坠毁在地球，导致超过半数的世界人口死亡。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势，以压倒性的战力向吉恩军发起挑战。扎比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的塞拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连生活在SIDE 7 的阿姆罗和芙劳平稳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌驾驶员的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的“鲁姆会战”即将展开……

宇宙世纪U.C. 0077年的破晓起义之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。阿姆罗·雷的父亲，推动RX-78开发项目的提姆·雷遭到米诺夫斯基博士的报复，以此为导火索，U.C. 0078年在月球表面发生了历史上第一场机动战士的正面对决，吉恩以悬殊的12:0大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在U.C. 0079年1月3日正式向地球联邦宣战……

宇宙世纪U.C. 0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家的一对兄妹在经历一系列变故后，自宇宙都市逃往地球……

宇宙世纪U.C. 0071年，离开SIDE 3慕佐自治共和国后的第3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在迪亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…
此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动战士。