宇宙世纪U.C. 0071年，离开SIDE 3慕佐自治共和国后的第3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在迪亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…
此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动战士。

宇宙世纪U.C. 0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家的一对兄妹在经历一系列变故后，自宇宙都市逃往地球……

宇宙世纪U.C. 0077年的破晓起义之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。阿姆罗·雷的父亲，推动RX-78开发项目的提姆·雷遭到米诺夫斯基博士的报复，以此为导火索，U.C. 0078年在月球表面发生了历史上第一场机动战士的正面对决，吉恩以悬殊的12:0大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在U.C. 0079年1月3日正式向地球联邦宣战……

原作、脚本、監修：高千穂遙
監督、脚本、作画監督、キャラクターデザイン：安彦良和
演出：鹿島典夫
メカニカルデザイン：河森正治
美術監督：中村光毅
撮影監督：三沢勝治
音響監督：藤野貞義、千葉耕市
音楽：前田憲男
原画:板野一郎他
制作：岸本吉功
製作：日本サンライズ
スペシャル・デザイン：吾妻ひでお、いがらしゆみこ、いしいひさいち、大友克洋、高野文子、高橋留美子、竹宮惠子、とり・みき、鳥山明、細野不二彦、御厨さと美、和田慎二

西元2003年5月，金星相隔3千年后再度与巨大冰状行星冲撞，厚实的碳酸大气层因此遭到破坏，接着地表开始产生酸性海洋，并出现了地球型的大气层。人类随即开始着手金星的地球化以及移民计划，并于2018年（金星历元年）将首批移民团送至伊修塔尔大陆，但由于金星的土地却超乎想像的贫瘠，于是人们又再度为了争夺土地而掀起战端。金星历72年，金星被分割成伊修塔尔与爱芙罗黛蒂两大自治州，第二、三批移民团也相继抵达，独立通信社记者，苏珊．索玛兹亦是其中之一。此时，让金星的人们最感到热衷的就是在爱芙罗黛蒂的首都．伊娥市所进行的机车大赛“绕圈赛”；参赛车队之一的“杀手突击队”在蜜兰达的领导下，希洛、玛姬等人也都有相当优异的表现。某日在比赛的途中，突然出现了数百辆的伊修塔尔重型战车“章鱼”，伊娥市因而遭到占领，希洛等人也遭受到了迫害，后来“杀手突击队”的这群年轻人终于挺身而出，试图抵抗这群侵略者。拯救了希洛的爱芙罗黛蒂军游击队“猎犬”队长．卡兹上尉，送给了希洛一部特殊机车武器“猎犬”。在不安与绝望之中，希洛、玛姬、蜜兰达等人也接连地被卷入这场战争……

亚里安（中原茂 配音）本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，然而潘多拉在还未生下亚里安之时就战死了，普罗米修斯拼尽全力才让亚里安有了降临这个世界的机会。之后，普罗米修斯因为盗取圣火而遭到了宙斯的处罚，亚里安辗转被德墨忒尔收养，可很快，德墨忒尔也遭遇了悲惨的命运，冥王哈迪斯趁机掳走了亚里安，令他相信自己是海王波塞冬的儿子，为了寻找父亲，亚里安踏上了旅途，不仅如此，他还发誓要杀死宙斯为自己的亲人们复仇。
诸神之战开始了，雅典娜作为宙斯一方，带领着地上的人民和海王展开了殊死搏斗，而亚里安则彻底沦为哈迪斯利用的工具。