吉米（西恩•潘 Sean Penn 饰）、戴夫（蒂姆•罗宾斯 Tim Robbins 饰）和西恩（凯文•贝肯 Kevin Bacon 饰）是儿时最要好的玩伴。戴夫10岁那年的一桩事件却改变了单纯美好的童年和友谊。尚且年幼的戴夫被歹徒绑架，对他施以性虐待，这个羞辱的经历从此改变了戴夫的人生。他变得与别人越来越疏离，三人的友谊在慢慢消融。
三人各奔东西，却因为吉米的女儿遭杀害而重新有了联系。因为负责这个案件的，碰巧是西恩，此时他已是一名警探，面对好友女儿的被害，心急要找出真凶，却意外发现所有证据的矛头都指向了那个曾经亲密无间的伙伴——戴夫。关系变得剑拔弩张，而过去的友谊，如今的对立，都在拉扯着每个当事人的心。

一个出国旅行者正准备把信用卡递到酒吧侍者的手上,一个商务会议在一片握手和问好中开始,一个男人在公交车上咳嗽…… 这些本没有关联的事情被一种传染病联系在了一起。贝丝·埃姆霍夫从香港出差回到明尼阿波利斯,身体不适,她觉得这只是坐飞机时间太久的结果。可是不料,两天之后她却死在了急诊室。医生告诉她悲痛的丈夫,这个女人的死因不明。 很快,相似的病例相继出现:现实剧烈的咳嗽、随后是高烧不退,接着是昏迷、脑出血,最后就是死亡。更为可怕的是,这种症状的患者正在全世界范围内出现,明尼阿波利斯、芝加哥、纽约、伦敦、巴黎、东京、香港都出现了病例。这种传染病以不可预知的速度传播着,2个人、4个人、16个人,随后就是成百上千上亿人。医学无法解释和治疗这种新出现的病症,只能任由其肆无忌惮地传播。全球性的恐慌开始产生。

由于在“内战”中站到了美国队长一方，蚁人斯科特·朗（保罗·路德 饰）遭到了FBI的禁足惩罚。眼看离真正的自由还有几天功夫，偏偏麻烦找上门来。原来初代蚁人汉克·皮姆（迈克尔·道格拉斯 饰）通过研究发现，他的妻子黄蜂女（米歇尔·菲佛 饰）一定还活在量子领域，而斯科特是能够将妻子带回现实世界的唯一希望。不由分说，汉克的女儿霍普（伊万杰琳·莉莉 饰）将斯科特带出房间。此后不久，他们不仅要躲避FBI的纠缠，更要提防来自神秘势力的袭击，而“幽灵”的出现更将斯科特等人带向前所未有的混乱当中。

吉姆（克里斯·普拉特 Chris Pratt 饰）是阿瓦隆号飞船上的一位工薪阶层旅客，在飞船前往太空殖民地家园2号的120年旅途中，因一次意外，他从冷冻睡眠中醒来。发现自己有可能要在这艘巨船上独自度过89年，吉姆试着重新入睡，但最终只能在安置了5000个同行人员的睡眠舱中孤独生活，处于自杀边缘的吉姆绝望中孤注一掷，于是，他唤醒了一名女乘客奥罗拉（詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰），两人在相处的期间产生了爱情的火花。而当飞船的操作系统瘫痪，这对情侣面临着更大的问题，生命受到威胁的不仅仅是他们自己，也包括同行的旅伴，和航行本身。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

越战后期，美军上尉威拉德（马丁•辛 Martin Sheen 饰）奉命沿湄公河而上，搜寻脱离美军在柬埔寨建立了自己的王国的科茨（马龙•白兰度 Marlon Brando 饰）上校，将他带回或杀死。科茨上尉曾经是美军在越战中的英雄，战功赫赫。然而，忽然有一天，他失踪了。随 后，情报指出他在柬埔扎建立了自己的王国，自己的军队，专门反对美军。
威拉德与几名士兵一路沿河而上，途中他们目睹了种种暴行、杀戮，目睹了无论美军士兵还是当地人在长期的战争中精神扭曲，做出的种种非正常的行为，威拉德感到了极大的震撼。
威拉德最后在柬埔寨科茨的王国中被当地人捉住，见到了科茨。然而，科茨竟欲求一死，叫威拉德将这里炸为平地……

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。