高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。
在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。
本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。
在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师……
《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，漫画由小畑健执笔，并由日本棋院的女棋士梅泽由香里担当监修。当年上映引起轰动后，引发了一股学习围棋的热潮，借由佐为的附身改变了主人公进藤光，讲述了其棋艺和心灵的成长，也在其中普及了围棋知识，意义深远。