"伴随着隆隆作响的电梯，一位老者来到了装修豪华的迷之钟点屋。在美丽女侍者的引导下，他来到吧台前，和先期到达的一名男子并肩而坐。银色头发的男服务员询问了二人来到这里的经过，随后向他们通报了重要的信息：青年和老者即将参加一场游戏，游戏的筹码则是各自身家性命。青年闻听顿时暴走，可是找遍建筑的每个角落也没有可以逃出的地方。而且如果拒绝参赛的话，将遭到无情的杀戮。正待青年迟疑之际，老者则抢先按下统一参赛的按钮。经过选择，他们二人的比赛形式定为“死亡台球”。
自诩球技尚可的青年，及至交手才发现眼前貌不惊人的老人球技竟如此高超，他们的生命面临最严峻的考验……"

传说巨神伊迪安的史诗结局，以电视连续剧的最后 5 集为特色。 Solo Ship 及其船员继续与 Buff Clan 进行激烈的战斗，决定宇宙中所有生命的最终命运。这部电影是《传说巨神伊迪安 接触篇》的第二部分。

曾经，泉田准一郎（木内秀信 配音）怀抱着成为推理小说中的名侦探的远大理想报考了警察学校，如今，已经33岁的他，依然只是警视厅里一介小小的警部补。令他怎么也想不到的是，上级的一纸公文，居然就奠定了他从今往后悲惨的生活。这天，他成为了号称“驱魔娘娘”的药师寺凉子（生天目仁美 配音）的部下，这位27岁就当上警视的红发美女，不仅是保全公司的千金大小姐，同时有着超高的智商，此外，凉子高傲的个性和古灵精怪的坏心眼也让同僚们闻风色变。
就这样，泉田的奴隶生活开始了，在忍气吞声的同时，他还要防备凉子最大的敌人室町由纪子（桑岛法子 配音）的骚扰。在凉子的身边，发生了一些自然科学无法解释的怪奇事件，凉子和泉田这对“主仆”，为了发掘事件的真相，奔波于城市的角角落落。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

强殖装甲卡巴是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，而他的同班同学卷岛颚人则得到了另一套。因此成為了秘密组织克诺斯狙击的对象。从此之后，他们将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关係到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……