第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意…… 　　本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间 ©豆瓣

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。