天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。
但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技《军团战》之中。她化名《玛秋》参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。
同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS《高达》及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。
接着，世界迎向了新时代。

天手讓葉是名女高中生，在空中的宇宙殖民地過著平靜的生活。但在遇到難民少女娜安後，她被捲入了非法機動戰士決鬥競技《軍團戰》之中。
她化名《瑪秋》參賽，駕駛著GQuuuuuuX，每日投身激烈的戰鬥。
同時，被宇宙軍隊和警察兩方追捕的神秘機動戰士《高達》及其駕駛員──少年修治，出現在她們面前。
接著，世界迎向了新時代。

TV2003 重制版，是为庆祝 EVA 企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在 TV95 版的基础上重制了 21-24 四话，重制的部分称作“Video”（视频），也被称为“导演剪辑版” 。加上原有的 26 集，2003 版共 26 话、30 集。这个版本中 21 与 22、23 与 24、25 与 26、27 与 28 都是相同的内容。只不过 21、23、25、27 和原版一样，而 22、24、26、28 中增添了一些新的内容。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第 3 新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶被称为 “EVA” 的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。

不断来袭的使徒、身份不明的绫波丽、从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14 岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。