有着复杂家庭环境的男主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱里受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。以得到此手提箱为契机，智春得知了世界隐藏的真实--神舍弃了人类，这个世界曾遭一次毁灭，借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，男主角身边围绕了众多精彩的各型美少女们，轰轰烈烈的故事也该就此开始了……

东京的爱丽丝学园（全称：国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力“爱丽丝”的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。

青梅竹马、犹如姐妹般的玩伴今井萤招呼也不打一声就从乡间小学转入城里的学校，佐仓蜜柑无论如何都无法接受这个事实，于是离家出走，只身来到萤所在的爱丽丝学园，但却发现自己根本无法进入学园。在围墙外徘徊的她险些被人贩子拐走，所幸被学园的鸣海老师搭救并发现蜜柑可能具有爱丽丝能力，于是“顺理成章”地入驻爱丽丝学园。

崭新的学园生活对蜜柑而言是喜忧参半。喜的是终于和小萤团聚，忧的则是跟问题学生日向枣分在同一班级兼同桌还是拍档，更令蜜柑跌破眼镜的是她满心欢喜入驻的学园竟然是学生们公认的囚笼，而日向枣更是厌恶学园派的典型。

即来之则安之，即便遭到同学们的排挤，即便被评定为无星级，即便不清楚自己的爱丽丝是什么，即便见不到相依为命的爷爷，不服输的蜜柑仍然没有放弃。

原本只是追逐萤的步伐而来到爱丽丝学园的蜜柑，也最终在这里收获了欢乐、勇气、信任以及友情…

在校风过度自由的私立高中桃月学园，天才小不点老师蕾贝卡·宫本(通称贝琪)就任！小不点贝琪和个性鲜明的学生们与动物们(？)多彩的校园生活，微妙地奇妙的校园喜剧!!

刚进入暑假，中学1年级的未来，陪着弟弟悠贵去参观机器人展。横眉冷对兴奋的弟弟，反抗期的未来很无聊地按着手机。“毎天每天都是烦人的事情…。这种世界干脆坏掉最好。”这样想的瞬间，地面突然开始猛烈震动。袭击东京的是高达8.0级的海沟型大地震。崩溃的海滨大桥桥，倒塌的东京铁塔。在瞬间一切都变了的东京。未来牵着悠贵的手，借助摩托车快递员真理的力量朝世田谷的自家奔去。到底三人能否顺利回家呢？

被谜之转校生——千斗五十铃强迫而接受游乐园约会的可儿江西也，不知何故被拉到的地方，却是一个充满了破旧游乐设施的日本第一的遗憾游乐园——甘城辉煌游乐园。这座游乐园建立于泡沫经济全盛期，近年假日来客人数不超过3000人，同时也是臭名远播的最糟约会地点代名词，现在最大的问题是，三个月内来客人数如不满25万人就得关闭。被引荐给了游乐园的管理者，“真正的”公主——拉媞珐的西也，不知为何突然被托付了重建这个陷入闭园危机的游乐园的重任。原来，这里不是游乐园！？