X学院在一场神秘爆炸中被摧毁，X教授与琴·葛蕾失踪，X战警被迫解散。一年后，反变种人情绪高涨，政府成立“变种人应对部”（M.R.D.）大规模抓捕变种人；与此同时，万磁王在吉诺沙建立变种人国家，试图以强硬手段保护同胞。

在未来时间线中，哨兵统治世界，变种人濒临灭绝。被囚禁的X教授通过精神力量向过去传递警告，希望改变历史。金刚狼挺身而出，重新集结暴风女、冰人、影猫等成员，重建X战警，对抗兄弟会、莫乔以及不断升级的哨兵计划。

随着琴·葛蕾与凤凰之力的真相逐渐浮现，过去与未来两条时间线交织推进，一场关乎人类与变种人命运的终极决战逐步逼近。

Mr. Fantastic, the Invisible Woman, the Human Torch, and the Thing battle some of their greatest foes, including Doctor Doom, Ronan the Accuser, the Multiple Man, and Mole Man.

塔克工业的总裁霍华德·斯塔克，在拒绝奥巴代亚要将科技运用到武器研发掌握商机后，就在一场空难中消失了。

我们的主人公，16岁的天才少年托尼打造了一身高科技的盔甲，试图调查父亲的死因，他怀疑这一切跟奥巴代亚有着直接的联系。化身为钢铁侠后，托尼一直在阻止奥巴代亚的各种邪恶计划，并且无数次与其它坏人作战，拯救了地球。

罗迪和小辣椒一直在协助托尼的正义行动。但托尼毕竟还是一个在校学生，由于经常迟到或者错过学校的各项活动，他总是要编造理由来为自己脱身。

身为一个青少年，却同时要肩负着超级英雄的重任，尽管托尼拥有非凡的生存技能，但他还是必须要想办法来平衡来自这方面的压力。

　　在澳洲被怪兽摧毁后，两兄妹驾驶着机甲猎人寻找他们的父母，一路上遇到了新的生物、卑鄙的小人以及偶然结成的盟友。