逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。
噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。
究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……

哈利（丹尼尔·雷德克里夫）即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星（加里·奥德曼）越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。
新来的魔法老师卢平（大卫·休里斯）有着桀骜不驯的个性，与哈利关系很好，教了哈利许多实用的黑魔法防御知识。而此时在他的魔法地图上却出现了一个神秘人物，虫尾巴。偶然的机会下，在尖叫棚屋里集齐了哈利父亲当年的所有好友，卢平、虫尾巴、小天狼星，哈利的魔杖直指向小天狼星，但他发现那罪犯看他的眼神里充满了疼爱……

为了能让身患老年痴呆症的父亲重回正常的生活，威尔·罗曼（詹姆斯·弗兰科 James Franco 饰）一直致力于名为“Cure”的基因药物的开发，并在大猩猩身上不断进行着药物试验。在公司已经失去信心的同时，威尔继续在家完成试验，并在一只名为凯撒的大猩猩身上获得成功。借助灵长类学家卡洛琳（芙蕾达·平托 Freida Pinto 饰）的帮助，威尔发现凯撒的智力极大地提高。不过，人类的社会始终无法接受拥有极高智力的凯撒，凯撒被送往了猩猩看护所。看护所的残酷对待，使得凯撒利用智慧进行抗争，最终救走了同时被囚禁的其他猩猩，而且对它们都使用了Cure。一群高智商的猩猩与人类对立的战争就此拉开。本片获得了第84届奥斯卡最佳视觉效果的提名。