故事从一艘黑夜中的赌船开始……男主角，伊藤开司，浑浑噩噩，一事无成，因为好心替人做了担保而背负上了数百万债务。为偿还欠款，开司接受怂恿上了一艘名为“希望之船”的渡轮，为的是参加一次神秘赌局，一旦获胜，就能将欠款一笔勾销。上到贼船后开司才发现，参与者多是如自己一般的失败青年。然后主办方便开出了赌局的规则：参与者须以标着“石头，剪刀，布”的扑克为道具，夺取对手身上的星星标志，赌局结束时，扑克牌未用完或星星少于三颗者将失去资格，而参赛初所能向主办方借贷的巨款，也成为让他们盈利或逃生的重要因素……

人世謂緣，繫結的絲線糾結纏繞。脆弱可悲的彼岸花，憤怒、悲傷、終日以淚洗面，午夜零點的帷幕彼方，君之怨恨，願為消之。

故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。
在好友白峰理沙（野口瑠璃子 配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。

在宇宙的神秘角落，令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯（山寺宏一 配音），漫长的39年沉睡中，比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决，而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。为此，他和随从维斯（森田成一 配音）来到了界王星，寻找打败弗利萨的孙悟空（野泽雅子 配音）。孙君不顾界王（八奈见乘儿 配音）的劝阻，斗胆向比鲁斯发起挑战，结果遭遇实力悬殊的惨败。为求赛亚人之神的真相，比鲁斯再度造访地球。此时Z战士们正齐聚西部城市为布玛（鹤ひろみ 配音）庆生，派对上的美味食物引起比鲁斯和维斯的极大兴趣。事先知情的贝吉塔（堀川りょう 配音）小心应付，以防破坏之神毁灭地球，但是意外与战斗还是不可避免地发生了……
传说中的赛亚人之神是否真的存在？地球的命运将会如何？

松隆奈奈子（花泽香菜 配音）是一个平凡的大学女生，一次偶然中，她邂逅了学长武蔵小麦（石田彰 配音）并迅速的坠入了情网。为了追随学长的脚步，松隆加入了小麦所在的“变研会”，哪知道，就是这样一个简单的决定，让松隆瞬间陷入了一个由各种变态组成的恐怖世界中。
有受虐倾向的同级生水月美和子（高口幸子 配音），视金钱为上的莳子（河原木志惠 配音），摄影发烧友市河菱靖（森训久 配音）， 不良少女加藤杏奈（新谷良子 配音），在这些怪人的围绕下展开向往的大学生活真的没关系吗？没有任何变态嗜好的松隆又将在这样的生活里经历怎样的遭遇呢？

江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。
这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。

《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。
决斗者王国篇
一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。
战斗城市前篇
决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。
乃亚篇（动画原创）
战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。
战斗城市后篇
战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。
多玛篇（动画原创）
战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。
海马集团大赛篇（动画原创）
多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。
王之记忆篇
为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。
共有224集。

世纪末即将来临，然而，这究竟是地球新的开始，亦或是真正的末日呢？这一切都掌握在“天龙”和“地龙”的手中。平凡而冷漠的少年司狼神威（铃村健一 配音）在某一日拔出了封印在地底的神剑，与此同时，他即将面临一个困难的选择——保护地球成为“天龙”，或是毁灭地球成为“地龙”。14名谜样的男女聚集到了东京的土地上，他们分别是天龙七封印和地龙七御史，这14名身世复杂的男女要为了争夺地球而展开一场残酷的战斗。
神威选择了成为天龙，而出现在他眼前的，地龙的首领居然是自己儿时的挚友桃生封真（诹访部顺一 配音），封真当着神威的面杀死了自己的妹妹小鸟（能登麻美子 配音），从此，两人之间的宿命开始了流转。天龙节节败退，最后仅剩东京铁塔上的结界还在维持着运作，而当此结界被打破时，就是地球的终结之日。被预言必将失败的神威，能否扭转地球的命运？