剧场版动画《交响的诗篇口袋里满是彩虹》确定于2009年04月25日在日本首映，并按顺序逐步于全日本公映。同时在剧场版公映前，于2009年03月27日开始贩卖2005年的TV动画Blu-ray Disc-Box与DVD-Box。
这部由BONES制作的经典作品风靡至今人气依然不减，时搁4年之后再度召集当年的原班STAFF阵容齐聚一堂来制作全新的剧场版动画，目前得以安心的是STAFF，CAST照搬当年TV动画的人员，使得整部作品理论上不会另FANS们感到明显的突兀。但重要的剧场版故事情节目前一概不明，或许只有等看到了才会知道。

来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。

由优莱卡创建的珊瑚岩（类似珊瑚的信息生命形式）中的虚拟世界。自从虚拟世界的人民随着崩坏出现在这个地球上以来，十年已经过去了。因为这种“大融合”，虚拟世界中的人类称自己为“绿色地球”，旧地球上的人类自称为“蓝色地球”，各种碰撞将在水面下不断重复。绿色地球军的高级官员杜威·诺瓦克和他的同事一起策划，为保护他们的尊严，最终实施了一项大规模的恐怖主义计划。