故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。

凪宗一郎（保志总一朗 配音）和卜比牧原（三木真一郎 配音）的到来让本来平静的统道学园鸡犬不宁。虽然统道学园是一所武校，但学校提倡平和理智的武道，反对无因的暴力，而宗一郎和牧原两人此次的目的却是征服这座学校。结果可想而知，宗一郎被前来的柔剑部部长枣真夜（久川绫 配音）及高柳雅孝（关智一 配音）一脚踢飞，倒霉的他掉入了刚洗完澡的枣亚夜（茅原实里 配音）身上，没想到枣亚夜对他一见钟情。于是，有着女性恐惧症的宗一郎在统道学园的快乐生活开始了。
而随着校园生活的推进，一些被称为“柱”的标志逐渐浮出水面，这些标志分别刻在谁的上？又代表了什么？宗一郎决定一探究竟。

楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。

在距現在不遠的未來東京---
隨著這時代科技的進步, 人們已開始使用氫氣電池及人型機器人了
雖然技術進步了,但犯罪檢舉率卻相反的降低,失業率上升等等的社會不安定也不斷增加
外觀和現在林立的都市一樣....但, 實際上街道已經被混亂的陰影所?#092;罩了
以這樣的東京為舞台,海空來,原田及黑川三人一起經營了一間通稱DSA的危險代理
公司(DANGER SERVICE AGENCY),這間公司不管委託的工作是合法或不合法,都會
接受代理
喜歡李小龍的美少女『海空來（みくら）』
怪異科學技術工程師『原田（はらだ）』
曾經是刑警 患上麵類中毒的老伯『?#092;川（くろかわ）』
他們一起住的大樓屋頂的公司的辦公室兼住宅改建的倫敦巴士是他們的基地、
採取「不接既賣命不賺錢的委託」主義的DSA,為何接到的委託,都會變成亡命工作呢!?
海空來的飛踢咆哮,原田的槍冒著火,黑川品嚐著烏龍麵
...然而今天三個人的生命是, 風中燭火?!

在世界各地旅行并收购贩卖物品的旅行商人克拉福•劳伦斯在经过正在庆祝收获节的帕斯罗村后离开，却在自己堆满麦束的货车上发现了正在睡觉的少女。少女有狼的耳朵和尾巴，更有美丽的脸庞，她自报家门称自己是掌管丰收的狼神“赫萝”。
虽然对这样的介绍半信半疑，但在赫萝的花言巧语之下，劳伦斯答应带赫萝回到遥远的北方故乡，就这样二人展开了旅行商人的旅程，并在行商途中遇到了各式各样的事件。
赫萝的出现，改变了劳伦斯原本孤独的经商生活。虽然常常被赫萝狡猾的言论捉弄，但他与赫萝的羁绊也因此越来越深

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

「有一种巨人无论生在什么时代，都只会为了自由而不断前进，为了自由而不断战斗，它的名字是——“进击的巨人”」关于墙外的真实和巨人的真面目，逐渐地被揭露了出来。为了实现这个目标，人类付出了巨大的牺牲，在他们的不断前进下，他们终于可以看到自由的象征，墙外世界才能看得见的海。时光流逝，离第一次「超大型巨人」的袭击过去了6年后，调查兵团跑出玛利亚之墙外进行着调查「以前我一直相信，墙的外面有海，海的那边有自由...」墙内的人类，第一次面朝大海。但真的和梦想一样，那广阔的地平线的那边真的有自由吗？艾伦·耶格尔的故事，即将迎来新的局面。