Kai Nagisa, a normal high school girl who wishes to one day become a professional wrestler, is suddenly approached by a robot known as an Iczel. Iczel urges her to help save the Earth from invading aliens called Geas. The Geas, led by Chaos and Cross, are bent on stripping Earth's resources and then destroying it. To fight the invaders, Nagisa must merge with Iczel and become a battle-suited warrior named "Iczelion". She is reluctant to take up this sudden unbelievable task and fight with the other Iczelions of Earth because Nagisa just wants to live a normal life without having such big responsibilities. Nagisa must overcome her fears and fight, together with other Iczelions, to prevent the invading alien forces from destroying their homeplanet, Earth.

这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……
本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

宇宙世纪0088年，经过格利普斯战役，提坦兹（Titans）被消灭，奥古（AEUG）的实力也大大削弱。吉恩军残余部队在摄政王哈曼・坎恩的率领下趁机以“新吉恩”的名义称霸地球。

在格利普斯战役中受损的奥古军宇宙战舰“阿伽马号”临时停靠在Side1的殖民卫星“香格里拉”。此地经营废品回收业务的捷度・阿西塔和朋友们盯上了阿伽马内的Z高达，准备偷出来卖钱。恰好此时与阿伽马敌对的新吉恩军巡洋舰“安多拉号”也来到了香格里拉，捷度等人被卷入了战斗。