柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

经历了人类与机器人连番大战的洗礼，而今的地球已满目疮痍，破败不堪，荒野四处皆为武器装甲的残骸所覆盖。在阴霾晦暗的天空下，业已觉醒的女子亚莉克莎（美琳达·克拉克 Melinda Clarke 配音）独自而坐。突然，他的同伴从基地发来警告，两只智能机器人正向她靠近。话音刚落，两只形状酷似的机器人从黝黑的海水中浮现，向亚莉克莎逼近。女子从容不迫，动作轻盈地逃回基地，而两只猎手不知是计，尾随其后，最终中了埋伏。
昆虫机器人一死一伤，而人类反叛军计划对俘虏以牙还牙，侵入它的头脑中，意图为机器人建立一个虚拟世界，一切朝着不可预测的方向发展……

2071年的万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人惊叹的犯罪。高速公路上一辆油罐车爆炸了。事故发生现场的人们因不明原因病倒，死伤人数超过400人。这样大规模的杀人事件，似乎是不明来源的生物武器所为。为此，火星政府发布了3亿圆的赏金悬赏恐怖分子。目击事件的faye单独行动妄图独占赏金，艾德使用黑客技术找到线索，与Bebop号上的大家一起行动。四人一狗组合再次出动，但他们不知道，这3亿元的代价，是对抗前所未有的强大犯罪者。

这是个人造的世界，一个充满不可思议的力量的地方。一群十四，五岁的孩子在灾难来临的时候，不经意却又无可避免的落如了这个神秘的空间内。
《无限的未知》是近期看的片子内唯一一部与众不同的TV版动画，透过一群孩子在无成人带领的情况下，生活在名位“利维亚斯”的宇宙船内，被外面的世界背叛，诬陷为恐怖份子后的几个月的逃亡生活。
当有人聚集的地方就会形成一个社会；当人群遭受灾难即会出现骚乱，暴动；当面临未知的命运时就会有不安，恐惧。所以当这些事落在一群孩子身上，表现的更加强烈。诱骗、隐瞒、强压、暴力都无法抑制越来越中的不按，当面对外面的强敌时可以安心的依靠利维亚斯神奇的力量，可面对那一张张同自己一样不安的脸时却无能为力。
在这样的状况下擦发现自己的力量多么渺小，并不是拼命努力就可以了， 再也无法像以前一样压抑着不满微笑对人了。所有的人都变得更敏感，如一根被绷得过紧的弦只要是一阵风就会被震断，响声震耳欲聋。
和一般的动画不同之处就在于，《无限的未知》并不仅仅是描写一部机械与战争的热血漫画，在这部片子里我们看到的更多的是当绝望充斥着整个利维亚斯内，每个平凡人的表现。并且编导用了一个比较特别的表现形式，那就是自始至终出现在利维亚斯内的神秘少女。一个开始感觉如rei般的女孩，一个单纯到近乎白纸的女孩，一个从未接触过外人完全不了解人心的女孩。在这个船舱内如若无人境地的走动，感受着没一个人的恐惧，悲伤和绝望。于是这个开始面无表情的女孩变得会笑、会哭、会忧伤、会愤怒，然后更加强大。
为什么要这样？！
为什么？！
好痛苦！好悲伤！
可是我不想死！！
我想活下去！！
所以利维亚斯有了更强大的力量，于是每次都能绝处逢生，因为想活下去的信念超越了所有的情感和障碍。
利维亚斯一个神秘的世界，利维亚斯人类科技的产物，利维亚斯如白纸般的少女，利维亚斯——无限的未知。