蜘蛛侠（托比•马奎尔 Tobey Maguire 饰）在经历了重重考验之后，成为了人人敬仰的正义英雄，抱得美人归。但是，光环下蜘蛛侠，也有自己的心病：他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死，帕克一直耿耿于怀。
生活顺意的帕克开始变得目中无人，当他再次抓到那个小偷时，残忍地看着他从楼上摔下致死，过后才发现自己惩罚错了人，真凶是“沙人”。当帕克将“沙人”残忍杀死后，帕克心内的阴暗面渐渐在帕克的身体内占据了上风，蜘蛛侠最终演变成邪恶的“毒蜘蛛”！糟糕的是，帕克没有察觉到自身的变化，帕克最终如何摆脱自身的邪恶？

杰克（哈里森·福特 Harrison Ford 饰）曾是中情局的一名情报员，在一次度假中，他偶然目睹了一场以北爱尔兰国务大臣霍姆斯（詹姆斯·福克斯 James Fox 饰）为目标的恐怖活动，职业习惯让他无法对此坐视不管，在杰克的协助下，恐怖份子米勒（肖恩·宾 Sean Bean 饰）被捉拿归案，杰克也得到了赢得的奖赏。
虽然行动失败了，但恐怖分子们并没就就此罢休，而是决定再干一票，此时已经越狱成功的米勒主动请缨加入行动，他的脑中只有一个念头，那就是向杰克寻仇。很快，敏感的杰克就发现自己和家人正处于极度危险之中，为了捍卫国家和平，更为了保护自己的家人，杰克回到中情局，重操旧业。

大战绿魔之后，蜘蛛侠彼得·帕克忍痛拒绝了他唯一的挚爱玛丽，因为蜘蛛侠的身份会为自己和亲人带来巨大危险，帕克决定独立承担起蜘蛛侠的责任。帕克一直在忙于应付各种挑战：学习超能力的灵活运用；在超级英雄与平凡大学生的双重身份下隐藏自我、小心翼翼地生活等等。帕克对玛丽越来越难以自拔，但是作为蜘蛛侠又不能对玛丽展开心扉。好友哈利因为误会蜘蛛侠而一直处处与其为作对；唯一的亲人梅婶婶也对蜘蛛侠的真实身份产生了怀疑。同时，新的挑战又出现了：邪恶而强大的章鱼博士。帕克在种种压力下肩负起蜘蛛侠的使命。