千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。一个叫雪成的男孩想进去那个森林去画画，在森林内，雪成遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比，当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候，雪拉比带着雪成到了40年后（现代），正好小智他们在这森林里，他们救了雪成，雪成告诉了小智他们关于时拉比的事，小智他们救了雪拉比，并和他成为了好朋友。与此同时，火箭队的三干部比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪拉比。比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拼命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢......

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。

位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。
全新的冒险就此展开……

毛查查（丘梅君 配音）出生在毛球星，他和弟弟毛啦啦（林丹凤 配音）、妹妹毛噜噜（沈小兰 配音）一起千里迢迢来到了地球，只为了寻找传说中的莫哈拉达摩佳宝藏。在地球，毛查查一行人偶然遇见了善良的空夫（蔡惠萍 配音）和美琪，毛查查更是成为了空夫家中的暂住客。
在空夫的帮助下，毛查查踏上了寻找宝藏的旅途，同样在寻找宝藏的，还有毛查查的旧相识毛毛查（谢洁贞 配音），毛毛查立志要在毛查查之前找到宝藏，因此两人之间的竞争十分激烈。在寻找宝藏的过程中，毛查查和空夫一起经历了磨难，遭受了考验，两人之间结下了深厚的友谊，那么他们最终能否顺利找到宝藏呢？

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……
本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。